Reformacja uznaje 3 znaki prawdziwego Kościoła: głoszenie czystej Ewangelii, jasne sprawowanie sakramentów, praktykowanie dyscypliny i karcenie grzechów (Belgijskie Wyznanie Wiary, art. XXIX, Konfesja Westminsterska, rozdz. XXX), co oznacza, ze dyscyplina kościelna jest bardzo ważna, równie ważna jak samą głoszenie Ewangelii.

Kościoły protestanckie tradycyjne traktują grzech i dyscyplinę bardzo poważnie, gdyż Biblia naucza, że grzech w Kościele może działać jak odrobina kwasu, która zakwasza całość (1 Koryntian 5,1-7). Dlatego Apostoł Paweł mówi, że należy usunąć grzeszników, którzy nie chcą się nawrócić z kościoła (1 Koryntian 5,5).

W Kościołach w tradycji Reformacji proces dyscypliny składa się z trzech kroków (por. Ew. Mateusza 18,15-18, patrz też s. 4 tego numeru).

Pierwszy krok jest napominaniem grzesznika prywatnie, jeśli to nie skutkuje, należy wrócić ze świadkiem, a jeśli nadal nie skutkuje dopiero wtedy należy poinformować starszych zboru.

Starsi nie od razu komunikują to innym. Zazwyczaj jest to długi proces, w którym starają się rozmawiać z grzesznikiem, aby skłonić go do nawrócenia się.

Szczególnie w tradycyjnych Kościołach reformacji (kościoły luterańskie i reformowane) pierwszym krokiem podejmowanym przez starszych jest nie dopuszczenie do Wieczerzy Pańskiej, gdyż uznaje się, że starsi mają szczególną odpowiedzialność dbania o czystość sakramentu Wieczerzy Pańskiej (Katechizm Heidelberski, pytanie i odpowiedź 85)

W tych Kościołach zazwyczaj ostateczna decyzja o ekskomunice jest podejmowana przez radę starszych (lub prezbiterium, kolegium kościelne).

W Kościołach tradycji ewangelikalnej duży nacisk kładzie się na czystość zboru, gdyż Kościół jest święty i odłączony od świata (por. np. 2 Koryntian 6,16-17; Efezjan 2,19-22). Każdy wierzący jest kapłanem świętym, składającym duchowe ofiary przyjemne Bogu… (1 Piotra 2,4-5). Kościół w całości jest świątynią Ducha Świętego (1 Koryntian 3,16-17). Kościół musi dbać o to, aby był czysty, święty i grzech w nim nie panował.

Celem dyscypliny nie jest karanie samo w sobie, lecz nawrócenie grzesznika (1 Tymoteusza 1,20; 2 Tesaloniczan 3,14; 1 Koryntian 5,5) oraz świętość i czystość kościoła (1 Koryntian 5,6; 11,27).

W kościołach ewangelikalnych dyscyplina kościelna nie jest sprawą tylko starszych, lecz  całego zboru, a decyzja o ostatecznym wykluczeniu ze zboru zazwyczaj zależy od zboru w całości.

Obecnie w wielu Kościołach protestanckich dyscyplina kościelna niestety już nie jest stosowana lub zostaje traktowana z wielką rezerwą. Niektórzy uważają, że jest to już staromodne, nie z naszych czasów. Inni argumentują, że Kościół w historii zbyt często nadużywał dyscypliny kościelnej, co raniło wielu ludzi i spowodowało, że wielu wiernych zostało bezprawnie ekskomunikowanych. Wnioskują, że dlatego lepiej w ogóle nie stosować dyscypliny kościelnej – mimo wyraźnego nakazu samego Jezusa.

Pedro Snoeijer, Augustinus 30